Τα έτη 1900 – 1902 βρισκόταν στην Κρήτη ο G. Gerola ως απεσταλμένος του R. Istituto Veneto delle Scienze, lettere ed arti, με αποκλειστικό σκοπό τη μελέτη και καταγραφή των ενετικών μνημείων της Κρήτης. Ενδιαφέρθηκε ιδιαίτερα για τη Loggia και αφού συνέλεξε όλα τα διαθέσιμα στοιχεία, τα απέστειλε στον Ιταλό αρχιτέκτονα Federico Berchet για να εκπονήσει το σχέδιο αναστήλωσής της. Ο Berchet παρουσίασε το σχέδιό του στον Πρίγκιπα Γεώργιο, Ύπατο Αρμοστή της Κρήτης. Το σχέδιο δεν προχώρησε σε εφαρμογή λόγω δριμύτατης αντίδρασης για τη σκοπιμότητα ή μη της διατήρησης του μνημείου.
Το Σεπτέμβριο του 1904, με την πρόφαση ότι ο όροφος ήταν επικινδύνως ετοιμόρροπος, άρχισε η κατεδάφισή του. Τότε γκρεμίστηκαν τα αρχιτεκτονικά μέλη του ορόφου στο δρόμο, ακρωτηριάστηκαν τα εξέχοντα τμήματα του ισογείου και καταθρυμματίστηκαν, αντί να αφαιρούνται με προσοχή, να αριθμούνται και να φυλάσσονται, όπως αναφέρει ο Ξανθουδίδης που υπήρξε και αυτόπτης μάρτυρας στα «Παναθήναια» της 15ης Δεκεμβρίου 1904.
Σε αυτή την κατάσταση βρισκόταν το μνημείο της Loggia όταν σκέφτηκαν να την χρησιμοποιήσουν ως Δημαρχείο της πόλης. Στις 5 Οκτωβρίου 1905, ο ‘Ύπατος Αρμοστής της Κρήτης Πρίγκιπας Γεώργιος της Ελλάδας, εξέδωσε το 788 Διάταγμα «περί παραχωρήσεως της Loggia στο Δήμο Ηρακλείου για να οικοδομήσει Δημαρχιακό κατάστημα».
Το Μάιο του 1914, ήλθε στο Ηράκλειο, μαζί με τον G. Gerola, ο αρχιτέκτονας M. Ongarο, που εκπόνησε τα γενικά σχέδια αναστήλωσης της ‘’LOGGIA”. Στις 21 Ιανουαρίου 1915 τέθηκε επίσημα ο θεμέλιος λίθος για την αναστήλωση του ιστορικού μνημείου, από τον Γενικό Διοικητή Κρήτης Λουκά Κανακάρη Ρούφο και με την παρουσία του Γενικού Πρόξενου της Ιταλίας Bart. Godolini και του τότε Δημάρχου Ηρακλείου Στυλιανού Γεωργίου. Ο Α’ Παγκόσμιος Πόλεμος προκάλεσε δυσκολίες στην προμήθεια των αναγκαίων οικοδομικών υλικών, σίδερου, τσιμέντου κλπ. Έτσι, το έργο διακόπηκε στις αρχές Οκτωβρίου 1915.
Το Δημοτικό Συμβούλιο, σε συνεδρίασή του της 9ης Μαΐου 1916, μετά από διαβήματα της Ιταλικής Κυβέρνησης αποφάσισε τη συνέχιση των εργασιών μέχρι την αποπεράτωση του ισογείου σύμφωνα με τις υποδείξεις του μηχανικού M. Ongarο. Εν τούτοις, το έργο διακόπηκε οριστικά.
Το 1917, ο Ιωάννης Βογιατζάκης, Δήμαρχος Ηρακλείου, ενεργώντας σύμφωνα με Αποφάσεις του Δημοτικού Συμβουλίου, υπέγραψε σύμβαση με τον αντιπρόσωπο της Κυβέρνησης Ι. Τσιριμώκο, σύμφωνα με την οποία η Κυβέρνηση θα αναλάμβανε την υποχρέωση να συνεχίσει τις εργασίες ανοικοδόμησης της Loggia με βάση τα σχέδια του M. Ongarο, και να παραδώσει το οικοδόμημα στο Δήμο κατά κυριότητα.
Ο Ευρωπαϊκός Πόλεμος και η Μικρασιατική Εκστρατεία δεν επέτρεψαν τη συνέχιση των εργασιών. Η Loggia χρησιμοποιήθηκε ως αποθήκη ασβέστη και άλλων υλικών. Η Armeria φιλοξένησε πολλούς πρόσφυγες το 1922.
Το 1931 συντάχθηκε μελέτη από το μηχανικό του Δήμου Αλ. Τσαντηράκη, βάσει των σχεδίων του M. Ongarο, για την ανοικοδόμηση τμήματος της Ενετικής Λέσχης.
To Μάρτιο του 1932 προκηρύχθηκε από το Δήμο δημοπρασία για την ανοικοδόμηση της Armeria σύμφωνα με τη μελέτη και τα σχέδια που είχαν συνταχθεί από τον Αλ. Τσαντηράκη και είχαν εγκριθεί από τον τότε Διευθυντή Αναστήλωσης και συντήρησης αρχαίων και ιστορικών μνημείων, Α. Ορλάνδο. Εργολάβος αναδείχθηκε ο Ανδρέας Μαυράκης.
Στις αρχές του 1935 εγκαταστάθηκαν οι δημοτικές υπηρεσίες στην Armeria.
Το 1937 εγκαταστάθηκε ο εργολάβος Ι. Παπαδογιάννης για την εκτέλεση και ολοκλήρωση του έργου με βάση σχέδια του αρχιτέκτονα του Δήμου κ. Ι. Τζομπανάκη. Το έργο της αναστήλωσης μετά την κατεδάφισή της, έφτασε μέχρι το βάθρο της οικοδομής, στην αποκομιδή των υλικών, των γλυπτών του διαζώματος, κιόνων, ξεστών λιθοδομών κλπ. Τα νέα πολεμικά γεγονότα του 1940 και η Γερμανική Κατοχή διέκοψαν το έργο.
Το 1960, επί Δημαρχίας Ν. Κρασαδάκη, ανατέθηκε στους αρχιτέκτονες Ι. Τζομπανάκη και στην Εριφύλη Μαθιουδάκη η σύνταξη μελέτης αναστήλωσης της Loggia Ηρακλείου και η επίβλεψη των εργασιών. Η αναστηλωμένη ή μάλλον η εκ θεμελίων ανακατασκευασμένη Ενετική Λέσχη, όπως και η σύνδεσή της με την ήδη αναστηλωμένη Armeria, ανοικοδομήθηκαν με νέα αρχιτεκτονικά μέλη και νέα σύγχρονα για την εποχή υλικά.
Το Αρχαιολογικό Συμβούλιο με την 62/3.11.1961 Πράξη του ενέκρινε τα οριστικά σχέδια της Loggia, και με την 4753/12.4.1962 Απόφαση «περί εκτελέσεως εργασιών αναστηλώσεως της Ενετικής Λέσχης Ηρακλείου», αποφασίστηκε η εκτέλεση της πρώτης φάσης του έργου και συγκεκριμένα η ανοικοδόμηση του πρόσθιου κύριου τμήματος. Στις 5 Μαΐου του 1962 ξεκίνησαν οι εργασίες ανακατασκευής στη Loggia.
Επί Δημαρχίας Ανδρέα Καλοκαιρινού, στις 12 Μαρτίου 1965, το Δημοτικό Συμβούλιο με Απόφασή του, ανέθεσε το δεύτερο τμήμα της αρχιτεκτονικής μελέτης για την ολοκλήρωση του έργου στην αρχιτέκτονα Εριφύλη Μαθιουδάκη – Λυμπερίου, δηλαδή τη διαρρύθμιση του παλαιού μεγάρου της Armeria και τη σύνδεσή του με την Loggia. Τον Οκτώβριο του 1976 ο ΕΟΤ ανέθεσε στην ίδια αρχιτέκτονα την εκπόνηση της μελέτης επίπλωσης και διακόσμησης της ‘’LOGGIA’’. Το 1978 υποβλήθηκε η Οριστική Μελέτη και η Μελέτη Εφαρμογής επίπλωσης και διακόσμησης της Lοggia στην Εφορεία Βυζαντινών Αρχαιοτήτων Κρήτης και στον ΕΟΤ. Η μελέτη βασίστηκε στα στοιχεία και στις φωτογραφίες που συνέλεξε η αρχιτέκτονας από μουσεία στην Ιταλία (Φλωρεντία, Βενετία Βιντσέντζα κλπ). Οι μετόπες της Loggia, κατασκευάστηκαν σύμφωνα με τις φωτογραφίες του Gerola και τις ελάχιστες αυθεντικές (μετόπες) που βρίσκονται στο Ιστορικό Μουσείο Κρήτης σε καλούπια, που διαμορφώθηκαν βάσει προπλασμάτων από πηλό, με μείγμα λευκού τσιμέντου και τρήματα πέτρας, όπως οι κιονίσκοι των στηθαίων και οι οδόντες του γείσου.
Η Λέσχη των Ευγενών του Χάνδακα , όπως την αποκαλούσαν την περίοδο της Ενετοκρατίας, τελειώνει στα 1982 και παραδίδεται προς χρήση, στεγάζοντας πια τις Υπηρεσίες του Δήμου, το γραφείο του Δημάρχου και το Δημοτικό Συμβούλιο για τις συνεδριάσεις του στη μεγαλοπρεπή μεγάλη αίθουσά της.
To 1988, σε πανευρωπαϊκό διαγωνισμό ανάμεσα σε 34 χώρες, η ανακατασκευή της Loggia διακρίθηκε λαμβάνοντας το Διεθνές Βραβείο της Europa Nostra.
